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长沙市中心医院:二代基因测序仪平台采购需求公开

基本信息
项目名称 省份
业主单位 业主类型
总投资 建设年限
建设地点
审批机关 审批事项
审批代码 批准文号
审批时间 审批结果
建设内容
一、功能及要求:
一、设备名称:二代基因测序仪平台
二、采购预算金额:登录即可免费查看
三、技术参数及要求
1. 二代测序平台主要内容:
1.1. 二代基因测序仪:主要用于肿瘤基因检测、药物基因筛查、基因甲基化测序、液体活检及遗传疾病筛查等临床应用,可开展全基因组测序、全外显子测序、宏基因组测序、单细胞测序等科研应用。
1.2. 自动化样本制备系统:包括组织标本和血液标本项目自动化样本制备系统。
1.3. 文库构建系统:用于肿瘤基因检测、药物基因筛查、基因甲基化测序、液体活检及遗传疾病筛查等应用的文库构建。
1.4.  生物信息分析系统:包括各类数据分析、实验室管理等方面的应用。
1.5. 其他辅助设备:满足实体肿瘤、血液肿瘤、遗传病筛查等方向的基因测序等实验过程需求的整套辅助设备。
1.6. 售后服务:协助医院搭建二代测序仪平台,向医院提供一整套平台设备及技术服务设计,共同建立医院的二代测序能力,为医院完成早期筛查、精准诊断、用药监控、疗效监测等方面的应用落地提供设备及技术支持。医院可基于此平台自主进行实体肿瘤、血液肿瘤、遗传病筛查等方向的基因测序,实现相关的临床研究及应用。
1.7. 多人阅览系统:用于肿瘤基因检测的临床诊断质控、教学。
2. 二代测序平台主要设备及主要辅助设备技术参数
2.1. 二代高通量测序仪技术参数
2.1.1.  ▲有NMPA医疗器械注册证,临床注册适用范围包含NIPT、肿瘤等多种应用。
2.1.2. ▲测序技术:桥式扩增成簇,边合成边测序(SBS)。
2.1.3. ▲测序的模板扩增过程为自动化,无需手工操作,且在同一台仪器上完成,无需配置额外的设备。
2.1.4. 测序数据通量可选择两种通量的测序芯片:高通量芯片每次运行可生成≥400M条片段序列120G碱基数据;中通量芯片每次运行可生≥130M条片段序列39G碱基数据。
2.1.5. 使用双色荧光系统进行碱基识别,以提高测序速度。
2.1.6. 单张测序芯片有≥4个流道。
2.1.7. 自动化双端读取序列,读长最长为2x150个碱基。
2.1.8. 以Q30为测序质量标准(即每个碱基的准确度为99.9%),标准品Phix在2X75测序模式下,80%以上的碱基比例可达到Q30,2X150测序模式下,75%以上的碱基比例可达到Q30。
2.1.9. 可精确读取不少于12个连续单个重复碱基。
2.1.10. 测序时间需满足75循环测序时间低于12小时,300循环测序时间可低于26小时。
2.1.11. 测序通量需满足每24小时可产出不少于100Gb数据量。
2.1.12. 运行环境条件需满足温度:19℃~25℃;相对湿度:20~80%。
2.2. 自动化样本制备系统主要技术参数
自动化样本制备系统用于肿瘤基因检测、药物基因筛查、基因甲基化测序、液体活检及遗传疾病筛查前期的核酸提取(包括各类DNA、RNA提取)。可单次自动处理单个样本不造成浪费。
2.2.1. 仪器可全自动完成样品裂解、裂解液转移、核酸结合、磁珠清洗、洗脱液转移至1.5ml收集管等实验步骤的全自动操作,无需人工介入。石蜡组织可以直接自动脱蜡,提取物可用于扩增、检测及基因分析。
2.2.2. ▲样本处理量:可自由选择1-24个样本操作,不会浪费试剂条。
2.2.3. 程序运行:采用枪头移液式及枪头内吸磁法运行,枪头内做磁珠与液体分离。
2.2.4. 核酸提取得率:200μl 新鲜全血可提取6μg以上的DNA;2ml新鲜全血可提取6μg以上的RNA。
2.2.5. 核酸提取纯度:DNA A260/A280为1.7-1.9、RNA A260/A280为1.8-2.0。
2.2.6. 核酸洗脱体积可以选择30ul,60μl,100μl,150μl或200μl。
2.2.7. 安全防护:封闭式工作站,带有安全保护门,紫外灯灭菌达到分子生物学实验要求。
2.2.8. 内置加热块:室温~100℃,可进行样本的加热裂解和核酸的洗脱温育。
2.2.9. ▲处理样本:全血、动物组织、细菌、培养细胞、植物、病毒、血清血浆、无细胞体液、拭子、石蜡包埋组织、尿液等。可根据实验需求,可以选择相应样本的DNA/RNA提取试剂盒,并可以提供DNA、RNA共提试剂盒。
2.2.10. 移液精度:转移体积<100μl,误差范围≤10%;转移体积>100μl,误差范围≤4%。
2.2.11. ≥7英寸彩色触控屏幕。
2.2.12. 设备拥有24根移液头,可一次提取1-24 任意数量的样本。
2.2.13. 采用非石墨枪头。
2.2.14. 石蜡样本可以直接上机,机器自动脱蜡、裂解、解交联和提取。
2.3. 文库构建系统主要技术参数
文库构建系统完成NGS文库制备、包括核酸纯化、DNA片段长度选择、样品浓度均一化、酶反应体系构建、测序反应体系构建、磁珠纯化、温控反应、文库pooling、PCR/QPCR体系构建、分液配液等仪器设备。  
2.4. 生物信息分析系统
2.4.1. ▲自动本地化完成信息分析,分析结束后直接输出检测报告,所有数据分析在本实验室完成,数据不发往公司,本地化存储、分析及管理。
2.4.2. 各生信分析系统功能可支持样品管理、实验管理、数据管理、报告管理、多种临床检测应用的信息分析、权限设置。
2.4.3. 生信分析系统具备成熟的检测相关信息分析软件。
2.4.4. 提供高性能存储和计算机工作站,满足分析需求,升级性能。硬件配置不低于:
2.4.5. 数据分析系统:储存容量:≥10000个组织(或2000个血液)样本储存数据,满足≥6年的存储容量需求。内存:≥512G;硬盘:≥300Gx2+10Tx12。
2.4.6. 报告系统:品牌工作站,CPU(i5及以上)、内存≥16G、SSD≥500G、机械硬盘≥1TB。具有二代测序中文自动分析系统,测序完自动生成分析报告,可直接打印中文版报告。
2.5. 多人阅览系统
系统适于在电源220V(±10%)/50Hz、气温5℃~40℃和最大相对湿度80%的环境条件下运行。 配置符合中国有关标准要求的插头,或提供适当的转换插座。
2.5.1. 5.1  研究级正置显微镜
2.5.1.1. 研究级正置显微镜,可作明场观察
2.5.1.2. ▲光学系统:无限远校正光学系统,齐焦距离必须为国际标准45mm
2.5.1.3. 调焦系统:载物台垂直运动方向距离不小于25mm,带聚焦粗调限位器,粗调旋钮扭矩可调,最小微调刻度单位≤1微米
2.5.1.4. 观察镜筒:宽场三目观察筒,倾角为30°
2.5.1.5. ▲ 照明装置:内置透射光柯勒照明器,高亮度LED(强度大于12V100W卤素灯),配置加装色温调整滤光片。
2.5.1.6. 物镜:万能平场半复消色差物镜4X(N.A.0.13,W.D.17)10X(N.A.0.3,W.D.10)20X(N.A.0.5,W.D.2.1)40X(N.A.0.75,W.D.0.15)
2.5.1.7. 载物台:人机工程学、右手、低位置同轴驱动选钮的高抗磨损性陶瓷覆盖层载物台。
2.5.1.8. 目镜:10X宽视野目镜,带屈光度校准
2.5.1.9. 物镜转盘:五孔位物镜转盘
2.5.1.10. 摇摆式聚光镜:N.A.值  0.9-0.16
2.5.1.11. 十人共览光学附件
2.6. 其他辅助设备
提供满足实体肿瘤、血液肿瘤、遗传病筛查等方向的基因测序等实验过程需求的整套辅助设备,实验室不再为项目的开展而购买新的任何设备。(附录为辅助设备目录,后续根据实验室平台建设方案更新)
2.7. 售后服务:
2.7.1. 质保:承担整机系统(最终验收合格后)维护保修,使用配套试剂耗材期间承担该项目所有设备的质保,包含仪器维修维护所需要的所有耗材和配件,负责仪器的年度校准并出具校准报告,仪器故障后在2小时内响应,24小时内到达现场。
2.7.2. 提供完善的实验室技术人员培训,提供仪器安装、实验室布局及技术支持等全流程实验室解决方案。
2.7.3. 仪器使用期间,提供实体肿瘤、血液肿瘤、遗传病筛查等方向的基因测序的技术支持。
2.7.4. 技术支持团队应该具有丰富的经验,具有平台搭建,实验室管理经验。
2.7.5. 负责联接医院朗珈系统、Lis系统。并承担相关接口、工作站费用。
2.7.6. 试剂及耗材符合长沙市医保政策,需具有鑫卫网挂网价格,投标报价不得高于挂网价。
2.7.7. 检测项目试剂价格(包括试剂、耗材、质控品、校准品等项目所需所有材料。报价包括试剂及耗材,质控品、校准品等配套提供)<每个项目收费价格(现行长沙市收费物价)的50%。
 
附录:
NGS平台检测实验室辅助设备清单
存放地点
序号
名称
数量
单位
要求
测序室
1
空调
1

不低于1.5匹,满足测序室温度控制
2
除湿机
1

用以保证实验室湿度控制
试剂准备室
1
手动移液器
1

量程为10、100、200、1000ul
2
纯水仪/超纯水仪
1

1. 18级纯水
2. 该系统以城市自来水为进水,连续生产III级(纯)水和I级(超)纯水
3. ▲.流速≥5L/h,辅助泵使进水稳定,排除水温或水压变化对水质的影响纯水产水水质离子截留率96-99%;有机物截流率>99%;细菌和颗粒>99%;流速:≥ 5.0L/h ;纯水电阻池常数:0.26cm-1
4. ▲超纯水产水水质:电阻率:18.2MΩ.cm @25℃;总有机碳含量(TOC):< 5ppb;内毒素<0.001EU/ml,细菌<0.1cfu/ml;颗粒(>0.22μm)<1个/ml
5. 系统外配体积≥30L的PE水箱,圆锥形底部无死角集中式进、出水设计,可使水箱内水完全排空。
6. 密闭水箱,配空气过滤器,降低外界对水箱内水质的污染;并有卫生防溢流装置,全程液位显示,达5%精度,可根据每天用水量来控制水箱内纯水的存储量,保证水质新鲜。
7. 超纯水电阻池常数:0.019cm-1,以温度补偿及非温度补偿模式两种方式显示电阻率;超纯水可根据需要定量取水;流速:>0.5L/min
8. 超纯水带185/254双波长紫外灯。
9. 彩色液晶显示面板,可显示出水质量(电阻率、电导率、温度),具有提醒更换纯化柱、紫外灯功能。
10. 系统符合UL标准,CE指令,ISO9001和ISO14001标准。
11. 终端精制器0.22微米,过滤细菌和颗粒
12. ▲可配置6种专用终端精制器,连续生产RNases<1pg/ml,DNases<5pg/ml的超纯水,提供官方证明材料。
13. 提供日后耗材易损件清单报价
3
迷你离心机
1

 
4
超净工作台/桌面式净化工作台
1

 
5
医用冷藏冷冻冰箱
2

需保证(4℃&-20℃)
6
PCR 低温指示冰盒
1

 
7
PCR 低温指示冰盒
1

 
8
紫外消毒车
1

 
标本制备室
9
手动移液器
2

量程为10、100、200、1000ul
10
核酸定量
1

 
11
迷你离心机
1

 
12
生物安全柜
1

全外排
13
磁力架
2

1.5ml规格
14
PCR 低温指示冰盒
1

 
15
PCR 低温指示冰盒
1

 
18
医用冷藏冷冻冰箱
1

需保证(4℃&-20℃)
19
紫外消毒车
1

 
文库制备室
20
手动移液器
1

量程为10、100、200、1000ul
21
核酸定量
1

 
22
旋涡混匀仪
1

 
23
迷你离心机
1

 
24
基因扩增仪
2

满足文库制备所需,性能稳定。
25
PCR 低温指示冰盒
1

 
26
PCR 低温指示冰盒
1

 
27
紫外消毒车
1

 
 
 
超声打断仪
1

用于基因打断
文库富集室
28
手动移液器
1

量程为10、100、200、1000ul
29
旋涡混匀仪
1

 
30
迷你离心机
1

 
31
基因扩增仪
 2

满足文库制备所需,性能稳定。
32
真空浓缩仪
1

 
33
毛细管电泳仪/片段分析仪
1

 
34
核酸定量
1

 
35
磁力架
2

1.5ml规格
36
PCR 低温指示冰盒
1

 
37
PCR 低温指示冰盒
1

 
38
医用冷藏冷冻冰箱
1

需保证(4℃&-20℃)功能
39
紫外消毒车
1

 
测序室
40
手动移液器
1

量程为10、100、200、1000ul
41
迷你离心机
1

 
42
旋涡混匀仪
1

 
43
医用冷藏冷冻冰箱
1

需保证(4℃&-20℃)功能
44
紫外消毒车
1

 
机房
45
高性能储存与计算工作站
1

 
实验室
47
显微镜
4

用途:可作普通染色切片的明场观察,用于临床诊断和科研工作。
1.1  适于在电源220V(±10%)/50Hz、气温5℃~40℃和最大相对湿度80%的环境条件下运行。
1.2  配置符合中国有关标准要求的插头,或提供适当的转换插座。
2.主要技术指标
2.1  研究级正置显微镜
 2.1.1  研究级正置显微镜,可作明场观察
2.1.2  光学系统:无限远校正光学系统,齐焦距离必须为国际标准45mm
2.1.3  调焦系统:载物台垂直运动方向距离不小于25mm,带聚焦粗调限位器,粗调旋钮扭矩可调,最小微调刻度单位≤1微米
2.1.4  观察镜筒:宽场三目观察筒,倾角为30°
2.1.5  照明装置:内置透射光柯勒照明器,高亮度LED(强度大于12V100W卤素灯),可选配加装色温调整滤光片。
2.1.6  物镜:平场消色差物镜4X(N.A. 0.1,W.D. 18.5);10X(N.A. 0.25,W.D. 10.6);20X(N.A. 0.4,W.D. 1.2 );40X(N.A. 0.65,W.D. 0.6)
2.1.7  载物台:人机工程学、右手、低位置同轴驱动选钮的高抗磨损性陶瓷覆盖层载物台。
2.1.8  目镜:10X宽视野目镜,带屈光度校准
2.1.9  物镜转盘:五孔位物镜转盘
2.1.10  摇摆式聚光镜:N.A.值  0.9-0.16
48
切片机+烤片
2

1切片厚度:0.5~100微米
2修片厚度:1~600微米
3样本夹头最大垂直行程:70±1毫米
4样本夹头最大水平行程:30±1毫米
5样本夹头回缩:5~100微米可调,可关闭
6夹头驱动方式:步进电机驱动
7配重方式:铅块配重,非弹簧配重
8自动注油系统
9休眠功能:机器15分钟内未操作,自动进入休眠状态
10修块模式:3种,其中必须含小手轮(非旋钮)辅助修块模式
11小手轮:机器左侧的小手轮可换向:小手轮顺时针转动夹
头前进/逆时针夹头后退,或者顺时针后退/逆时针前进
12安全锁定功能:大手轮可最高点锁定和任意位置锁定
13样品角度可调整范围:有零位显示,水平方向:±8°垂直方向:±8°
14标本钳:夹头和角度调节装置之间,有一个带燕尾滑块的
快装装置,方便从侧面快速更换或拆卸夹头
15显示:液晶显示,非电子管显示
16 搬运把手:机器后部有可折叠搬运把手,方便搬运。
49
超低温冰箱
1

需保证(-80℃)功能,有效容积:≥338L,箱内温度 :-40~ -86℃
制冷方式:风冷
50
扫码枪
1

 
51
UPS电源
2-3

保证对断电仪器提供1小时以上供电。
52
电脑等
≥3

品牌商用电脑,I7以上,内存≥16G,硬盘≥1T
53
标签打印机
1

 
54
打印机
1

 
 
55
震荡仪
1

 
 
56
数显温湿度计
5

 
 
57
冷冻台式离心机
1

用于血浆分离,可用18-24样本离心
 
58
恒温混匀仪
1

1.5-2.0ml
 
59
单槽水浴锅
2

单槽水浴锅2个或多槽多控温水浴锅1个
 
60
实时荧光定量pcr仪
1

96通道

二、相关标准:
详见采购文件
三、技术规格:
详见采购文件
四、交付时间和地点:
详见采购文件
五、服务标准:
详见采购文件
六、验收标准:
详见采购文件
七、其他要求:
详见采购文件
采购需求仅供参考,相关内容以采购文件为准。
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